泡沫箱可以种菜。在用泡沫箱种菜时，首先要测量好阳台或是天台和泡沫箱的尺寸，规划安排好各个泡沫箱的空间位置。最好先摆放好泡沫箱的位置，因为泡沫箱本身不是很坚固，尤其是钻孔改造后，很容易在搬动过程中破裂。
大多数蔬菜不耐涝，因此，要给箱子打消水孔。种植很不耐水的蔬菜，且箱子不深，消水孔一般打在箱子底部。如果种植的蔬菜有一定的耐涝能力，或是箱子比较深，则可以把消水孔打在泡沫箱的侧面中下方，这样可以在箱子底部储存一定的水分，让蔬菜不容易致旱，又不容易涝死。消水孔一般不用多，三两个就可以了。如果是做无土栽培，则不能在箱体上打洞，而是要在箱盖上打洞了，这个孔是用来定植蔬菜的，洞的距离以蔬菜株距和行距为准。如果是水培空心菜、水芹等蔬菜，则箱体不需要打洞,也可以不需要箱盖来固定根部。
泡沫箱硬度很低，打消水孔的时候，容易把握不好度，打了太大的洞，则以后给蔬菜浇水的时候，很容易导致泥土和水大量渗漏出来，弄脏阳台或是天台。对于这种情况，则可以在消水孔处垫一块滤布再填土。买不到滤布，也可以用破旧的衣服撕一块布来代替。
箱子改造完成后，就可以填充营养物质了。常规的有土栽培，尽量选择树林或是草丛下的腐殖质土层，或是取未经污染的水塘静水河湾湖泊的淤泥晒干拍碎使用。不要图省事取垃圾堆的土壤，那些土壤几乎都存在重金属污染和有机废物污染，尤其是二噁英污染严重。城市里可能取土不易，可以去农资店等地方购买土壤。
如果是无土栽培，则是使用营养液。营养液可以用草木灰混合取回来的沃土加水搅拌，浸泡静置48小时后，取上层澄清液即可。也可以去农资店等地方购买专门的营养液或是营养液制剂。
注意，营养物质不能过酸或过碱，否则会导致泡沫箱分泌出有害物质，污染蔬菜。如果是种植西洋菜、空心菜、水芹菜等水生蔬菜，则可以采用水土混合法。把取回来的沃土倒进泡沫箱里铺平，加水至刚好没过土壤3到5厘米即可，然后搅拌成稀泥。静置稀泥，当水面澄清后，即可种菜了。
如果是进行无土栽培，又没有箱盖来实现无基质种植，则需要在填充营养液之前，先在箱子里填充石子煤渣谷壳之类的基质，用以固定蔬菜的根部。一些农资店会有专门的无土栽培基质出售。注意，填充的基质不能太锐利，否则可能会刺破泡沫箱。
泡沫箱的保温效果很好，因此，冬天的时候，注意把泡沫箱的口部（蔬菜根部）用保温材料覆盖严实，少浇水，防止结冰冻裂泡沫箱；在夏季炎热的天气里，要注意给蔬菜适当遮阳，如果无法遮阳，则要注意每天早晚浇凉水降温，否则，长时间日晒，会导致箱内土壤等温度升高，由于散热不好高温可能会维持比较长时间，长期高温土壤会阻滞蔬菜生长，甚至会导致蔬菜烂根，尤其是水培蔬菜。