水垢的危害主要有：
一、水垢对人体的健康有较为严重危害的。
1、容易造成肠胃消化和吸收功能紊乱，以及泌尿系统的疾病，比如便秘等，同时水垢如果严重的话，还会导致胃炎及各类结石如肾结石、尿道结石的大病率的提升。而牙垢、牙周炎在某种程度上也与水垢有较大的关系。
2、其次，水垢胶结时，也常常会附着大量重金属离子，如果该容器用于盛装饮用水，会有重金属离子过多溶于饮水的风险。
二、同时水垢对人们的生活也有着很大的影响和危害。
1、首先，水垢导热性很差，会导致受热面传热情况恶化，从而浪费燃料或电力。水垢通常胶结于容器或管道表面。家庭用水时，如果水壶已经结满水垢则会影响烧水功率约30%左右，即会更费电，包括电热水器也是一样。比如，如果按每个月烧水成本是30元计算的话，则其中10元为水垢影响所造成的浪费。
2、其次，水垢如果胶结于热水器或锅炉内壁，还会由于热胀冷缩和受力不均，极大的增加热水器和锅炉爆裂甚至爆炸的危险性。