然而专家却认为，板蓝根的功效根虽好，但板蓝根也是有副作用的，也不是人人都适合。
有中医专家表示，SARS、季节性流感、甲型h1n1流感都是由病毒引起的呼吸道疾病，因此作用机理都是抗病毒。而板蓝根抗流感缺乏严格的循证医学上的证据，仅仅停留在多年来具体病例积累的临床经验上，经验证明中药板蓝根可能作用于人体细胞保护，使其免受病毒侵害，或者是提高了人体免疫机能。
目前还不能证明板蓝根对甲型H1N1流感有治疗作用，公众预防甲型h1n1流感的主要方法仍是坚持正常的饮食休息，保持人体正常的免疫力，出现症状及时就医。两次大范围病毒流行证明，板蓝根不能防治甲肝、非典，不应该乱用、多用，但由于板蓝根在配合其他药物协同作用下，对防治流感、流行性乙型脑炎、流行性腮腺炎病等还是具有较好疗效的。
中药板蓝根抗病毒作用机理研究，首次发现板蓝根具有清除由死亡病菌引起内毒素的功能，可充当内毒素“清道夫”。而板蓝根并不是“圣药”，只在一定程度上加强了人体自身免疫力。由于板蓝根具有抗病毒清热解毒作用，毒副作用很小，流感时服用板蓝根，可以在一定程度上加强自身的免疫力和抗病毒能力。而当人体免疫力各方面处于良好状态时，其预防和治疗病毒也会比一般身体虚弱的人强。所以，并不是板蓝根就是甲型H1N1流感的克星，它只是能够提高、加强人体的免疫力。
