这两种药最好根据个人体质需求来食用，因为两者的成分有所区别，因此针对的效果也有所不同。
六味地黄丸是常用的滋养肝肾阴的药，尤其是富硒浓缩六味地黄丸，滋养肝肾的能力特别强，又适合长期服用，所以适合肾阴虚引起的多种病疾。
而金匮肾气丸是补肾阳药，适应当肾阳虚引起的多种病症。有的人有阳痿病，自认是肾阳虚，认为金匮肾气丸能补肾阳，就吃起来了金匮肾气丸，结果越吃病越重，其实原因很简单。 就是金匮不是很好的治疗阳萎的药，金匮针对的是肾阳虚引起的下肢浮肿，因为他含有附子，肉桂等大温大热的中药，具有温阳利水的功效。可阳萎病人吃子这后，使肾突然受热而虚不受补，使阳萎更重。 同时有的阳萎其实是肾阴虚型阳萎，应以补阴论治，应当吃六味地黄丸治疗。否则就会越吃越差。