杯子每次用完如能即刻清洗最好，若觉得太麻烦，至少应每天清洗一次，可以在晚上临睡前洗干净，然后晾干。
清洗杯子时，不仅要清洗杯口，杯身，双层玻璃杯底和杯壁也不应忽略，尤其是杯底，平时不常清洗，可能会沉淀很多细菌及杂垢。特别提醒女性朋友，口红不但含有化学成分，而且极易吸附空气中的有害物质和病原体，喝水时会将有害物质带入体内，因此杯口残留的口红一定要清洗干净。清洗杯子时用水简单冲洗是不够的，最好用刷子刷。另外，由于洗洁精的重要成分是化学合成剂，使用应慎重，要注意用清水冲洗干净。若要清洗沾有大量油腻、污垢或茶垢的杯子，可以在刷子上挤上牙膏，在杯子内来回擦刷。由于牙膏中既有去污剂，又有极细的摩擦剂，很容易将残留物质擦去而又不损伤杯体。