由于紧急避孕药的药物作用，可产生恶心、呕吐、不规则子宫出血、月经改变等副作用，在服药一段时间后可缓解，如果不是症状长期存在，就要停止服药及就医。
1、恶心：恶心的最常见的副作用，约为50%;左炔诺孕酮次之，约为20%;米非司酮最低，约6%—7%。恶心一般持续不超过24小时。
2、呕吐：用Yuzpe法进行紧急避孕的女性约有20%发生呕吐;左炔诺孕酮约5%;米非司酮约1%。如果在口服紧急避孕药后1小时内呕吐，应该尽快补服1次。
3、不规则子宫出血：有些女性用药后会有些X点滴出血，一般无须处理，用药前要做好咨询。
4、排卵期改变：服用紧急避孕药，会影响月经周期，因而在随后的几个月中计算安全期会有所障碍。
5、月经改变：如果月经延迟一周，应该做尿妊娠试验，以明确是否是紧急避孕失败。
6、其他：乳房胀痛、头痛、头晕、乏力等，这些症状一般较轻微，持续时间不超过24小时。乳房胀痛、头痛严重者可用阿斯匹林或其他止痛药对症处理。