微波炉对的风险表现在它的加热能力，这种能力作用于人体同样会带来伤害。质量合格的微波炉，通过内部的屏蔽装置来降低泄露出的微波能量。
科学研究找到了对人体产生伤害的最小微波功率，以此制定了微波炉泄漏功率的标准。例如美国的规定是，在距离微波炉大约5厘米的地方，每平方厘米的功率不超过5毫瓦；我国的标准更加严格，是1毫瓦。而且微波的能量是按照距离的平方减弱的。以5厘米处1毫瓦计算，50厘米处就降低到了百分之一毫瓦。因此只要是合格的微波炉产品，使用中没有损坏，就不会泄漏出能够伤害人体的微波。
因为微波是一种辐射，有一种错误的观点认为它会致癌。事实上，微波是一种电磁波，跟收音机和电报所用的电波、红外线、以及可见光本质上是同样的东西。它们的差别只在于频率的不同。微波的频率高于电波，低于红外线和可见光。处于这一频率波段的电磁波是不会致癌的。
虽然同样被称作“辐射”，但微波与跟X光、放射性同位素产生的辐射等是不一样的。后两者属于较危险的电离辐射，而微波属于非电离辐射，二者危险性并不相同。X光虽然也是电磁波，但是其频率比微波高得太多，因而能量也高；而放射性同位素在衰变过程中会放射出粒子，所以它们能让生物体产生癌变。