虽然咖啡灌肠能够排除肠道毒素，但是依旧存在一些副作用：
1、咖啡灌肠液中的酸会刺激肛门皮肤，可能会使痔疮恶化。因此，直肠有出血性伤口的人也不适合。
2、若体力不好、身体虚弱的人，进行灌肠后会急速排便，可能引起体内钠或钾等矿物质的平衡失调，进而引起贫血现象。
3、孕妇不宜进行咖啡灌肠，尤其在怀孕初期更是禁忌，过於刺激肠道可能引起子宫异常收缩。
若读者选择咖啡灌肠，也要关注一些值得注意的事项。
1.灌肠的时间不要太匆促，时间可自行控制于15至30分钟，过程中可听音乐放松心情。
2.进行咖啡灌肠的次数最理想为早晚各1次，最适合的时机为饭后1小时。如果是刚开始进行的人，一天进行1次即可。
3.对于咖啡因等化学物质会产生过敏的人，应将咖啡稀释成4倍之后再使用。灌肠后，大肠如果发生过度蠕动的情形，应暂停进行并请教专业人员。
4.咖啡中的酸会刺激肛门的皮肤，可能会使痔疮恶化，或引起裂痔、脱肛、肛门炎等。因此在灌肠结束之后，建议将沾了肥皂的手指伸入肛门内约2～ 3，再以温水清洗，擦拭干净后於肛门部位涂抹凡士林，以预防痔疮的发生。
5.进行咖啡灌肠会让大肠的水份流失，灌肠前后应多喝水或蔬果汁，可搭配纤维素、益生菌及竹碳微粒加强效果。
6.上厕所时一定要做腹式按摩以贯彻效果。
7.灌肠液以1000㏄左右最理想。但可依个人情况，逐渐增加灌肠液的容量至1000㏄左右。
8.咖啡灌肠是协助将大肠内的废物排除干净，缩短废物在肠内的滞留时间，并无法取代每日正常的排便。