任何事物都是有两面性的，艾灸具有如此多的作用，这其中必然也会有一些副作用。
1、艾灸的副作用主要表现在错误的判断了身体的体质，错误的选择了施灸的穴位，从而造成的身体的不适，经过正确的方法指导是可以调节过来的。
2、艾灸具有效果明显、简便易行、经济实用的优点,几乎没有什么毒性和副作用,只要操作方法得当，穴位掌握准确，对人体一般不会产生不良反应。艾灸为身体补充阳气，尤其适用于阳虚体质。
3、艾灸有补泻的作用，对于阴虚火旺热症体质的人，要先从泻法开始，滋阴的同时再调理阴阳的平衡。也就是施灸的穴位和方法有所不同。
4、如果操作不当，也可能会产生不适，就会被理解是所谓的艾灸的副作用，建议应该到专业的地方进行指导。比如专业的艾灸养生馆。
5、艾灸是一种物理和药理结合的中医疗法。是绿色自然疗法，起源于中国古代，是艾草制成的艾绒燃烧来治病养生的方法。
6、但由于体质和症状不同，开始施灸可能引起发热、疲倦、口干、全身不适等反应，一般不需顾忌，继续施灸即能消失。