正确选用漱口水后，掌握正确的漱口方法也很重要。漱口的效果与漱口的时间、含漱的力量和次数有关。
漱口的时间最好在刚刚进食后，因为这时会有效地把食物残渣从牙齿表面或牙缝里冲洗出来，减少口腔内的细菌，并能减弱细菌的生长繁殖。 漱口时应用清水漱口，方法为：将清水含在口内，鼓动两腮与唇部，使清水在口腔内能充分与牙齿、牙龈接触，并利用水力反复地冲洗口腔各个部位，这样就尽可能清除掉存留在牙齿的小窝小沟、牙间隙、牙龈、唇颊沟等处的食物残渣和软垢，使口腔内的细菌数量相对减少，从而达到清洁口腔的目的。然后，含约10毫升的漱口水，用上述方法漱1分钟。漱完后不要再用清水漱口。
健康人群：不宜频繁使用漱口水
专家告诉记者，无论是保健型还是治疗型漱口水，都不适合在非医生指导条件下长期大量使用，否则可能引起口腔菌群失调和其他副作用。“现在很多人喜欢每天多用几次漱口水代替牙膏或牙线清洁口腔，其实很容易导致口腔菌群失调，从而引发更多口腔疾病的发生。”他进一步解释，不少漱口水中含有消炎成分，而消炎其实就是抑制某类口腔菌群继续发展，在此情形下，口腔内其余菌群可以自由生长、不断增多，由此导致天然环境下人体口腔菌群比例失调，从而走向炎症、龋齿等其他口腔疾病。所以，漱口水不宜频繁使用，而且最好遵医嘱或养成定期看牙医的好习惯。此外，某些市民如果不能忍受漱口水过于刺激的味道或嫌浓度太大，可以通过加适量白开水的方法进行稀释后再使用。
专家提醒，漱口水作为化学药剂只能成为偶尔使用的辅助剂，传统牙刷、牙线等清洁工具仍应是市民洁牙“主力”。