木瓜中的木瓜籽是可以吃的，但是不建议生吃，生吃有苦涩味，一般人难以接受。
生（青）木瓜的籽未成熟是白色的，成熟木瓜的籽是黑褐色的，黑褐色的木瓜籽更为常见。木瓜籽的功效和作用也是不容忽视的，木瓜籽性味酸、苦、温，中医认为其有祛湿疏筋、安神的功效，主治霍乱烦躁气急。古代名家论述中有记载木瓜籽的作用以及服用方法“治霍乱烦躁气急，每嚼七粒，温水咽之。”木瓜籽的采收时间在9~10月份间，可将成熟的果实剖开后取出里面的种子，然后将其鲜用或者是晒干都可。
切木瓜时，不少人都会将里面晶莹剔透的黑色籽丢掉，因为它味道苦，一般人都不会认为其有用。其实，这些黑色的木瓜籽的还是有一定的妙用之处的。
在腌制牛肉之前，可以将木瓜里的籽取出，然后将牛肉放平，腌入酱汁里，然后上面铺一层木瓜籽，这样就把牛肉、酱汁、木瓜籽一起腌到入味，木瓜籽里天然的木瓜酵素就会发挥让牛肉软化的作用。待牛肉腌制好之后，将其取出，然后轻轻拨掉上面的木瓜籽即可。切记，牛肉在腌制之前要清洗干净，用木瓜籽腌制之后无需再次清洗。
木瓜籽也可以炒着吃，富含锌或者将木瓜子进行深化提取，做美容养颜护肤品，木瓜芦荟酒材料：芦荟鲜叶1千克、木瓜籽数粒、米酒1.8千克、砂糖50克做法：选用芦荟鲜叶洗净，切细。将木瓜籽切破，将其放入容器，加入砂糖和酒，瓶口密封保存1个月，将果实取出，再放2周-3周。如果多放点木瓜籽，对低血压症特别有效。这种酒特别有利于低血压者饮用。
木瓜籽有它的多种功效与作用，可以入药，木瓜籽含有木瓜酵素会让鲜肉软化，但市场上已经有经过提炼的“嫩肉粉”出售，使用起来比用木瓜籽方便得多。炒着吃富含锌。或者将木瓜子进行深化提取，做美容养颜护肤品。
木瓜是药食具佳的瓜果，中医认为木瓜味甘、平，有补脾、益胃、催乳、消食、驱虫的效用，可用于脾胃虚弱、食欲不振、消化不良、饮食积滞、产后缺乳、脘腹疼痛、驱除绦虫、蛔虫等病症。清心润肺可炖食，冰糖炖木瓜可清心润肺，医治喉炎等疾患。延年益寿木瓜在中国还有“万寿果”之称，多吃可延年益寿。呵护秀发以木瓜煎汤洗发，可增加头发的光泽。《太平圣惠方》中记载:用木瓜浸油梳头，可治“发槁不泽”。
木瓜籽可以用来浸酒，如木瓜芦荟酒。
材料：芦荟鲜叶1千克、木瓜籽数粒、米酒1.8千克、砂糖50克
做法：选用芦荟鲜叶洗净，切细。将木瓜籽切破，将其放入容器，加入砂糖和酒，瓶口密封保存1个月，将果实取出，再放2周-3周。如果多放点木瓜子，对低血压症特别有效。这种酒特别有利于低血压者饮用。
食用木瓜还有利于肠胃消化吸收。当你在宴席上，或在家庭用餐时，多食了些蛋类、肉类、牛奶，以及一些不易消化食物时，胃肠感到不舒适，吃些番木瓜后，胃肠不舒适状况就会消失，个中原因就是番木瓜中的蛋白消化酶在起作用，这种酶素能消化蛋白，有利于人体对食物进行消化和吸收，因此有健脾消食之功。
还有，吃了太多的肉食，脂肪会堆积在下半身，这时，吃些木瓜后，木瓜里的酵素，会帮助分解肉食，减低胃肠的工作量，让肉感的双腿慢慢变得更具骨感。
木瓜籽粉有均衡、强化青少年和孕妇期的荷尔蒙的生理代谢平衡,减轻脸部黑斑、色斑、青春豆的产生，可淡化已生成的色斑、黑斑、润肤养颜。