南瓜子含有丰富的不饱和脂肪酸、磷脂、谷固醇、单糖类、维生素A、维生素E、维生素C、B族维生素，还有胡萝卜素、丰富的蛋白质和锌、镁、磷、钠、铁、硒等微量元素。可健脑提神，降压镇痛，驱虫杀虫，保护前列腺，有很好的杀灭人体内寄生虫的作用。可以缓解静止性心绞痛。并有降压的作用。
南瓜子还可用于绦虫证。南瓜子仁研末服还常用于治疗蛔虫证及血吸虫病，均能取得一定的疗效。此外，本品还可用于营养不良、面色萎黄及小儿疳积，可配花生的功效与作用仁，核桃仁的功效与作用共服。
南瓜子富含脂肪酸，对男性前列腺有保健作用；南瓜子所含的泛酸有降血压作用；南瓜子所含的不饱和脂肪酸及植物蛋白可预防动脉硬化等心脑血管疾病；南瓜子所含的亚油酸可降低血糖，对糖尿病患者有利。
临床作用：
1、治疗百日咳：用南瓜子瓦上炙焦，研细粉，赤砂糖汤调服少许，日数次。
2、治疗产后缺乳：用生南瓜子15～18g，去壳取仁，用纱布包裹，捣碎成泥状，加开水适量和服，早晚空腹各服1次，连服3～5天。
3、治疗下肢慢性溃疡：以保存2年以上南瓜子50～150g捣烂呈泥状敷于溃疡周围，鲜马齿苋的功效与作用200～300g捣烂成泥状敷于溃疡面，每天换药1次。治疗12例，10例在1个月内治愈，2例并发慢性骨髓炎行手术治疗。
4、治疗膀胱刺激征：用南瓜子仁研粉服用，对多种原因引起的尿频、尿急等症状有明显的改善作用，并提高膀胱顺应性，增加膀肤初感容量。
1、南瓜子不要生食，生食不但口味不好，而且食用后的保健作用不大。
2、已经氧化腐败的南瓜子不要食用，食后容易引起恶心、呕吐、腹痛。
3、南瓜子不要与羊肉同食，否则可能会引起腹胀、胸闷等症。
4、胃热病人宜少食，否则会感到脘腹胀闷。食用南瓜子应适量，一次不要吃得太多，曾有因食用南瓜子过量而导致头昏的报道。
孕妇可以吃南瓜子。目前还没有进食南瓜子后对孕妇及胎儿有不良影响的报道，适当吃应该没有问题的。但南瓜子多是热炒熟才可以吃的，吃了容易上火。推荐白炒的瓜子，含有丰富的叶酸，前期预防胎儿畸形有很大帮助，白炒的火气不大。黑瓜子，请尽量不要食用，添加剂香精比较多。不要生食南瓜子，营养价值不高且可能不利于人体健康。