关于避孕药的致畸效应，国内外学者进行了大量的研究，至今意见不一。有人发现：在怀孕前6个月内曾服过避孕药的妇女，自然流产胎儿染色体畸变率有增高的趋势;如果在怀孕时误服避孕药或者在停药1个月内怀孕的胎儿，其先天性畸形的发病率有增高的趋势。
国外有人报道，近几十年来女孩的阴道癌发生率有所增高，并发现这些患儿的母亲大多数在怀孕期间用过雌激素：因此得出结论：认为妇女在妊娠期间服用雌激素可能会影响到下一代的女性婴儿。因为口服避孕药大多数含有孕激素和少量的雌激素，用药后可能会使女性胎儿发生男性化，还可使阴道癌发病率增加。
有些人认为，用避孕药失败而怀孕，或者停服避孕药后马上怀孕，会引起胎儿脊柱、肛门、心脏、气管食道、肾脏和四肢畸形。不过，也有些人却提出异议，他们统计了服药妇女和未服药妇女所产生的胎儿畸形率资料后，发现并无明显的差异。有些学者通过淋巴细胞培养法研究，也未发现有染色体的畸形。英国皇家医师协会通过大量的调查，将5000名在怀孕前或怀孕早期曾经用过口服避孕药的孕妇和 10000名未服过避孕药的孕妇作了对照观察后发现，所分娩婴儿的畸形率并没有什么差异。从而证实了口服避孕药并不会引起胎儿畸形。而且，国外口服避孕药1号片中孕激素炔诺酮的含量是2.5毫克， 而我国目前用的口服避孕药1号片中仅含孕激素炔诺酮0.625毫克，为国外含量的1/4，所以， 更加安全，不必担心。
尽管这样，一般认为：在只生一个孩子的情况下，要生就要优生优育，应该慎重些为好。口服避孕药后又想怀孕者，至少要停药3个月后再怀孕为宜，若能停半年，则更好。不过，在停药期间要采用其他可靠的避孕措施。