目前尚无根除HPV的方法，治疗仅为去除外生疣体，改善症状和体征。应根据疣体的部位、大小、数量，患者是否可以自行用药等来决定治疗方法。
1、局部药物治疗
可选用的药物有：
①0.5%足叶草毒素酊外用，每日2次，连用3日，停药4日为1疗程，可用1-4个疗程。此药刺激性小，患者可自行用药。
②50%三氯醋酸外涂，每周1次，通过对蛋白的化学凝固作用破坏疣体。一般1-3次后病灶可消退，用药6次未痊愈应改用其他方法。
③5%咪喹莫特霜，每周3次，用药6-10小时后洗掉，可连用16周。患者能自行用药蛮多在用药后8-10周疣体脱落。此药为外用免疫调节剂，通过刺激局部产生干扰素及其他细胞因子而起作用。
2、物理或手术治疗
物理治疗方法有微波、激光、冷冻。对数目多、面积广及对其他治疗失败的尖锐湿疣可用微波刀或手术切除。但冷冻治疗不适用于阴道尖锐湿疣。
3、干扰素
具有抗病毒及调节免疫作用，由于其费用高、给药途径不方便、以及全身的副作用，不推荐常规应用，多用于病情严重、病变持续存在或病情反复的患者。常用基因工程重组干扰素(γIFN)α-2a，剂量100万U，病灶内局部注射。目前发现全身用药效果差，不推荐全身应用。
4、HPV亚临床感染的处理
由于HPV感染存在自限性，目前的治疗方法均不能祛除病毒，对HPV亚临床感染不推荐治疗，但应密切随访及预防向他人传染。