世界卫生组织估计，全世界每年约有700万例软下疳发生，主要流行于热带和亚热带地区，多见于非洲、亚洲和拉丁美洲。软下疳的潜伏期在3-14天之间，平均4-7天。临床上男性患者较多，男性患者好发部位包括冠状沟、包皮、包皮系带、龟头、阴茎体、会阴部以及肛周等处；女性患者则出现在小阴唇、大阴唇、阴唇系带、前庭、阴蒂、子宫颈、会阴部以及肛周等处。临床也有报告溃疡出现乳房、大腿内侧、手指以及口腔内。
患者接触病原体后，感染的部位出现一个小炎性丘疹或脓疱，迅速变成脓疱，3-5日后损害继续侵袭患处，形成疼痛剧烈的深度溃疡。溃疡呈圆形或卵圆形，质地柔软，容易出血，边缘粗糙不整齐。表面覆有恶臭的黄灰色渗出物。
大部分的患者出现溃疡之后，继而出现腹股沟化脓性淋巴结炎，有疼痛，进一步可以发生化脓、表面皮肤发红现象。肿大的淋巴结常有波动感，可自然破溃流脓，形成溃疡和窦道。合并症包括包皮炎、嵌顿包茎、尿道瘘、尿道狭窄、阴茎干淋巴管炎、阴囊或阴唇象皮肿以及溃疡的继发其他感染等。