首先要看肿瘤是否在甲状腺上，如果结节随着吞咽的过程活动就说明基本在甲状腺上，如果确定不了就可以采取其它辅助检查方式。然后还要鉴别一下是否存在甲亢和甲减的情况，如果有甲亢或者甲减就需要进行特殊治疗。
鉴别到底是良性肿瘤还是恶性肿瘤需要进行综合判断，首先要看病史如有家族甲状腺瘤，那么恶性的可能性就比较大，另外青春期前的儿童和60岁以上的男性患者出现甲状腺瘤恶性的可能性比较大，如果以前得过鼻咽癌，做过放疗，5年后甲状腺长了一个瘤子，那么恶性的可能性就比较大。然后要看临床表现，看肿瘤是多发性的还是单发性的，一般多发性的肿瘤良性的可能性比较大，而单发性的肿瘤往往是恶性的。
还要看肿瘤生长的大小和生长速度，如果短期内生长速度非常快而且还有压迫症状就可能有恶性病变。还可以通过触摸来判断，触摸如果感到很硬或者周围淋巴结肿大或者粘连在一起就可以高度怀疑为恶性肿瘤。以上这些都是凭借经验来进行判断的方法，通过一些辅助检查方法更能确定肿瘤是良性还是恶性。