1、衣原体感染是一种在人体内长期生存并又广泛传播的病原体，属条件致病菌。它在一定条件下能引起子宫颈感染、早产、流产及尿道感染等多种疾病，尤其是在与淋球菌等其他病原体合并感染时更加重疾病的发展及引起其它并发症，在无症状子宫颈和男、女性泌尿系统常有沙眼衣原体的存在，其检出率不一。
衣原体感染人体后，首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
2、衣原体引起的感染。衣原体的种类很多，不同的衣原体可引起人类、鸟类及哺乳类动物（如家畜、啮齿类动物）的眼、泌尿生殖道、呼吸道、神经系统、关节、胎盘和全身感染。引起人类衣原体感染的主要病原有沙眼-包涵体结膜炎衣原体、花柳性淋巴肉芽肿衣原体和鹦鹉热衣原体。中国除沙眼衣原体引起的较普遍外，其他衣原体的感染较少见。抗生素和磺胺治疗对衣原体感染疗效很好。