1、性传播感染是衣原体感染最常见的原因。在众多不同的感染病因中，性生活传播是成年人衣原体感染最常见的原因，也是衣原体感染最多的途径。任何有性生活的人都有可能会感染到衣原体。
2、间接传染是衣原体感染不可忽略的原因。由于衣原体感染可存在于人体的眼结膜、咽部、宫颈、尿道等部位以及尿液、粪便之中，所以衣原体感染的途径除性交传播外，还可通过日常生活接触感染，如手、眼或病人污染的衣物、器皿等媒介物，或胎盘、围产期传播等。任何年龄层次的人接触过病人污染过的衣物、器械等，都会有不同程度的间接传染。
3、生娩是新生儿衣原体感染的重要原因。沙眼衣原体是女性生殖感染中最常见的。孕妇如果患沙眼衣原体的生殖道感染，新生儿就会通过阴道分娩时，感染沙眼衣原体，从而迫使胎儿患结膜炎或者衣原体肺炎。