1、肺炎衣原体感染
肺炎衣原体对四环素类、红霉素及氟喹诺酮类药物均极敏感，对磺胺耐药，故常用四环素或红霉素口服。亦可用多西环素。孕妇哺乳期妇女及儿童禁用四环素和喹诺酮类药物。儿童可用克拉霉素（克拉红霉素）有较好的疗效。部分病例停药后可复发，尤其是用红霉素治疗者，再用多西环素治疗仍有效。近年来发现新型大环内酯类抗生素的阿奇霉素，在体外药敏试验对肺炎衣原体呈高敏反应易进入细胞内，具高效和低胃肠道反应的优点。
2、生殖道沙眼衣原体感染
（1）治疗原则
早期发现，早期治疗，用药足量、足疗程。性伴需同时治疗。
（2）治疗方案
目前对于成人沙眼衣原体尿道炎、宫颈炎、直肠炎，可用阿奇霉素或多西环素。其他可以选用其他药物，包括米诺环素、红霉素、四环素、罗红霉素、克拉霉素、氧氟沙星、左氧氟沙星、司帕沙星等。
（3）性伴的处理
在患者出现症状或确诊前的2个月内的所有性伴均应接受检查和治疗。病人及其性伴在完成治疗之前应避免性行为。
3、眼部沙眼衣原体感染，包括全身和眼部局部用药和并发症的治疗
（1）全身治疗
急性期或严重沙眼应全身应用抗生素，一般疗程3-4周。口服四环素，如果忌用四环素，可选用强力霉素或红霉素、螺旋霉素。
（2）局部治疗
常用利福平、金霉素、磺胺类滴眼液点眼，四环素、红霉素、磺胺等眼膏涂眼。最少10-12周。
（32）并发症治疗
应针对沙眼导致的并发症进行手术治疗。如睑内翻矫正术、眼表重建术等。