宫颈上皮内瘤变诊断应遵循“三阶梯”诊断程序——细胞学、阴道镜及组织病理学检查。
1、宫颈细胞学检查
宫颈细胞学检查是宫颈上皮内瘤变最简单的辅助检查方法，可发现早起病变。在检查时，若发现异常细胞，应作阴道镜检查，进一步明确诊断。
2、HPV检测
高危型HPV DNA筛查可作为宫颈细胞学检查异常分流，及宫颈病变治疗后病灶残留、复发判定、疗效评估与随诊。
3、阴道镜检查
可了解病变区血管情况。阴道镜不能了解宫颈管的病变情况，应刮取宫颈管内组织或用宫颈管刷取材作病理学检查。阴道镜检查也可能会漏诊重要病变，若未发现CIN2或CIN3，应积极随访。
4、宫颈活组织检查
宫颈活组织检查为诊断宫颈上皮内瘤变最可靠的方法。任何肉眼可见病灶均应作单点或多点活检。如无明显病灶，可选择宫颈移行带指定处活检，或阴道镜指引下在碘试验不染色区取材，提高确诊率。