子宫输卵管通水术虽然因为设备简单、操作便利、价格低价格低廉等优点而在很长一段时间内被临床上普遍运用，但在长期运用中也暴露出了以下弊端：
1、子宫输卵管通水术是用一只导管把液体注入宫腔，宫腔体积和表面积较导管和输卵管腔的横断面积大得多，根据流体动力学原理，压强等于受力面积分之压力，所以所注入液体到输卵管内的压力非常有限。
2、实际临床工作中我们也发现子宫输卵管通水术误诊率高，达50%以上，既不能确定输卵管梗阻部位，又不能明确输卵管梗阻严重程度及性质，且有造成象患宫外孕那样输卵管破裂大出血的危险。
3、因为子宫输卵管造影的基本原理和子宫输卵管通水术基本相同，若输卵管粘连较轻，经子宫输卵管造影时就已恢复通畅，若子宫输卵管造影不能使输卵管粘连得以复通，那么再经子宫输卵管通水术也不会有什么效果。
4、子宫输卵管通水术是一种盲通，通液过程中看不到注入的液体在患者体内的具体进程，从而无法明确输卵管梗阻部位、性质，这对确定输卵管梗阻治疗方法和疗效来说毫无帮助。