黄体酮不良反应主要有：突破性出血，或是阴道点状出血，有的女性会出现体重增加或减少，宫颈鳞柱交界改变，宫颈分泌物性状改变。
通常还会伴有乳房肿胀，恶心，头晕。头痛，倦怠感，发热，失眠等症状的出现。对于女性来说有的会导致肝功能异常，通常情况下，对黄体酮或本品中其他成分过敏者;阴道不明原因出血;血栓性静脉炎、血管栓塞、脑中风或有既往病史者;乳腺肿瘤或生殖器肿瘤患者，等等人群禁止使用该药。所以建议最好经过专业医师的诊断后再进行补充。
黄体酮保胎的使用面是很有限的。黄体酮是一种孕激素，对黄体分泌不足、孕酮缺乏引起的先兆流产是有用的。但首先必须弄清楚是否缺乏黄体酮。是否缺乏，可通过化验证实，也可通过测量基础体温的办法来了解。的确属于黄体功能不足者，为了受孕可从基础体温上升的3-4天注射黄体酮，并不间断使用9-10周，直到母体可自然分泌孕酮为止。在孕酮缺乏的正常情况下使用黄体酮不会带来危险。