子宫内膜薄的原因分为全身因素和局部因素，全身因素有内分泌失调，如雌激素水平偏低、孕激素不足、排卵障碍和生长激素缺乏等；局部因素主要是子宫内膜损伤、粘连和缺如等。子宫内膜薄的具体原因如下：
1、内分泌严重失调
子宫内膜是指构成哺乳类子宫内壁的一层，对雌激素和孕激素都起反应，可随月经周期发生显著变化。雌激素可引起子宫肥大，孕激素可促使子宫内膜发生特殊的妊娠初期变化，或改变子宫内膜的性质，使之具有产生蜕膜的能力。因此，若女性内分泌严重失调，就会导致体内激素失衡，使子宫内膜周期性变化紊乱，导致子宫内膜薄。
2、人工流产
子宫内膜的基底层是子宫内膜功能层脱落后再生的重要支持，但若女性曾多次药流或人流施术过重，都容易使子宫内膜基底层受到损伤，再生功能下降或无法再生，造成子宫内膜过薄。
3、子宫发育畸形
子宫发育畸形也是子宫内膜薄的一个原因，但长期以来一直别人们忽略。临床上，有的患者的子宫造影已经不是倒梨形了，甚至是细长条，这种因先天性畸形造成的子宫内膜薄一般临床上很难治疗。