子宫内膜薄大多是由于子宫内膜基底层破坏而引起的，常发生于人工流产术中过度刮宫引起的子宫内膜基底层损伤和粘连，粘连可使宫腔、宫颈内口、宫颈管或者上述多处部位部分或者全部阻塞，从而引起子宫内膜不应性或者阻塞性闭经。子宫内膜结核也可破坏子宫内膜引起闭经，宫内节育环引起宫内感染也可发生闭经。
这种情况下进行治疗，需要进行手术分解宫颈及宫腔粘连。在有宫腔镜的情况下，医护人员机械性切割或者激光切割粘连带；没有宫腔镜的话则只能采取传统的宫颈扩张器和刮宫术分解粘连，术后可防止宫腔内支架防止宫腔再次发生粘连，宫腔内支架的放置时间一般为7-10天。
有生育要求或者B超检查提示子宫内膜过薄的患者还必须采用大剂量雌激素治疗。常用药物为妊马雌酮2.5mg，每日一次，需连服21天，在第三周开始加用醋酸甲羟孕酮，每日10mg，连续7天。两种药物同时停药后或出现药物撤退性出血，如果撤退性出血量少，可以重复上述方案3-6次，直到撤退性出血量接近或者达到既往月经量。