女性的月经是由下丘脑-垂体-卵巢轴所分泌的内分泌激素的正常调节而完成的，若其中任何一个环节出现问题都有可能导致继发性闭经的发生。一般来说继发性闭经的原因主要有：
1、卵巢发育不良：因卵巢发育不良，对垂体促性腺激素缺乏反应，不产生性激素，而致闭经。
2、多囊卵巢综合征：多囊卵巢综合征导致的闭经为继发性闭经，闭经前常有月经稀发或月经过少的现象。
3、卵巢早衰：由于先天性卵巢中卵泡过少，或因某种原因促使卵泡过早衰退，以致雌激素水平降低，子宫内膜萎缩，从而引起40岁以前绝经。
4、卵巢功能受损：如严重感染、肿瘤等。
5、甲状腺疾病：甲亢常伴有月经稀少、以至发生继发性闭经。
除了上原因外，女性营养严重不良、避孕药服药不当以及环境心理因素都可能导致闭经的发生。