1、纠正全身健康情况：女性生殖器官是整体的一部分，因此全身健康将影响生殖器官的情况，故治疗闭经应先纠正患者的全身健康情况。
2、病因治疗：找到引起闭经的器质性疾病给以恰当治疗。例如结核性子宫内膜炎即给抗痨治疗。宫腔粘连患者应扩张宫腔并放置节育环，以防再次粘连。垂体或卵巢肿瘤在诊断明确后，则根据肿瘤的部位、大小、性质确定治疗方案，选择手术、放疗、化疗其它综合措施。
3、性激素替代疗法：对先天性卵巢发育不良，或卵巢功能受损或破坏以致早衰者可用激素替代疗法。一般应用性激素人工周期疗法。应用性激素后，出现月经样的周期性撤药性出血，一方面纠正患者的生理和心理状态，另方面促进生殖器官和第二性征有一定程度的发育。
(1)小剂量雌激素周期治疗：其作用是促进垂体功能，分泌黄体生成素，从而增加卵巢分泌雌激素，并促进排卵。
(2)雌、孕激素序贯疗法：其作用是抑制丘脑下部-垂体轴，停药后月经可能恢复并排卵。
(3)雌、孕激素合并治疗：其作用是抑制垂体促性腺激素，停药后偶有回跳作用，而使月经恢复并排卵。用口服避孕药每晚服1次，自月经第五天起服，连服22天停药。下次月经第5天起开始第二疗程，共用3-6周期。
4、诱发排卵：如卵巢功能未衰竭，并要求生育的患者，可采用激素或其类似物诱发排卵：
(1)垂体功能不全：采用绝经后妇女尿中提取的促卵泡成熟激素(hMG)，以促使卵泡发育，分泌雌激素。并合并应用类似垂体黄体生成激素的绒毛膜促性腺激素(hCG)，可促进卵泡成熟以致排卵，并促进黄体的形成与发育。
(2)在性功能低落，卵巢和垂体有正常反应，丘脑下部功能不足或不协调者，即用氯菧酚胺促进丘脑下部促性腺激素释放激素的分泌，以纠正其功能而诱发排卵。