1、由于性冲动时子宫产生收缩，还可能将子宫内膜碎片挤入盆腔，引起子宫内膜异位症，这也会导致不孕症。
2、对男性的危害，如果月经分泌物进入男性尿道，也可能会引起男性尿道炎的发生。
3、 经期的性行为过程中，女性生殖器官会长时间充血，导致经血增多，经期延长。
4、女性的免疫系统本身对精子具有抗原性，正常情况下，精子在与免疫系统接触前，就与卵子结合或被排出体外，因而不会刺激女性产生抗精子抗体。但如果在经期同房就会引起女性产生抗精子抗体。
5、 男性生殖器可能会把细菌带入阴道内，致病菌会在经血中大量繁殖，沿子宫内膜内许多微小伤口和破裂的小血管扩散，感染子宫内膜，甚至还会粘附于精子表面进入输卵管，从而引发炎症。输卵管炎症危害很大，严重的会造成其自身的堵塞，精子不能通过阻塞部位到达输卵管的外侧段，等候在这里的卵子无法受精，造成不孕症。即使输卵管阻塞较轻，精子能够挤过狭缝到达输卵管外侧段使卵子受精，但受精卵生长后，会比精子大十几倍，不能通过狭缝进入子宫腔，只能附着在输卵管上，这就是宫外孕。