治疗原则为选用抗厌氧菌药物，主要有甲硝唑、替硝唑、克林霉素。甲硝唑一直厌氧菌生长，不影响乳杆菌生长，是较理想的治疗药物，但对支原体效果较差。
1、口服药物
首选甲硝唑400mg，每日2次，口服，共7日;替代方案：替硝唑2g，口服，每日1次，连服3日;或替硝唑1g，口服，每日1次，连服5日;或克林霉素300mg，每日2次，连服7日。甲硝唑2g顿服的治疗效果差，不再推荐使用。
2、局部药物治疗
含甲硝唑栓剂200mg，每晚1次，连用7日;或2%克林霉素软膏阴道涂布，每次5g，每晚1次，连用7日。口服药物与局部用药疗效相似，治愈率80%左右。
3、随访
治疗后无症状者不需常规随访。细菌性阴道病复发较常见，对症状持续或症状重复出现者，应告知患者复诊，接受治疗。可选择与初次治疗不同的抗厌氧菌药物，也可试用阴道乳杆菌制剂。