滴虫性阴道炎的潜伏期为4-28日。25%-50%患者感染初期无症状，其中1/3将在6个月内出现症状，症状轻重取决于局部免疫因素、滴虫数量多少及毒力强弱。
主要症状是阴道分泌物增多及外阴瘙痒，间或有灼热、疼痛、性交痛等。
分泌物特点为稀薄脓性、黄绿色、泡沫状、有臭味。分泌物呈脓性是因为分泌物中含有白细胞;呈泡沫状、有臭味是因滴虫无氧酵解碳水化合物，产生腐臭气体。
瘙痒部位主要为阴道口及外阴。若尿道口有感染，可有尿频、尿痛，有时可见血尿。
阴道毛滴虫能吞噬精子，并能阻碍乳酸生成，影响精子在阴道内存活，可致不孕。检查间阴道黏膜充血，严重者有散在出血斑点，甚至宫颈有出血点，形成“草莓样”宫颈，后穹窿有多量白带，呈灰黄色、黄白色稀薄液体或黄绿色脓性分泌物，常呈泡沫状。带虫者阴道黏膜无异常改变。