1、抗炎治疗：这种治疗方法主要是针对由生殖道感染引起的畸形精子症。
2、内分泌调理：由内分泌异常所致，可给予内分泌功能调整.
3、手术治疗：对精索静脉曲张者应考虑手术治疗。
4、用药治疗：精液中有支原体时，精子活力降低，精子密度减少，畸形精子增多。用强力霉素，连服2周，可恢复生育。
5、夫妻间人工授精：用裴尔科密度梯度离心法，可分离出活动力Ⅲ、Ⅳ级，形态正常的精子达90%，后行人工授精。
6、高畸形精子症的治疗：如果是高畸形率精子症应根据引起畸形精子的原因，消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。如果男性体内的畸形精子超过70%，应该到医院进行染色体检查，如果患者本身有染色体病，那么会增加治疗的难度。
7、饮食治疗：多吃黑色素含量高的食物，比如黑豆、黑米、黑芝麻、核桃、黑木耳等。