畸形精子症是引起男性不育的原因之一，导致精子畸形的原因主要包括有药物因素、内分泌紊乱、泌尿生殖系统感染、日常烟酒习惯等，男性患畸形精子症的原因具体为：
1、药物因素：受药物影响所致，典型的如呋喃类药物，它可增加精子畸形率，此外，部分抗癌药及免疫抑制剂等均可影响精子发育。
2、内分泌紊乱：过敏反应、精神性应激反应等，长期抑郁、紧张等，会导致内分泌紊乱，从而导致精子发育异常。体内某些相关激素的分泌不平衡，从而造成畸形率增高。有实验证实，一些主管男性生殖功能的激素的分泌不足，可直接影响到患者曲细精管内精子的天生过程，导致精子畸形率升高。
3、泌尿生殖系统感染：泌尿生殖系统感染是导致精子畸形的重要因素。由于发生泌尿生殖感染疾病的时候，精液的中的营养成分会减少，使得精子发生畸形或者死亡。
4、日常烟酒习惯：
（1）吸烟过度：较新的研究发现，吸烟者可使畸形精子发生率显着增高。每日抽烟超过30支的男性，其畸形精子发生率更高。吸烟时间越长，畸形精子也越多。
（2）酗酒：酗酒也是常见的造成精子畸形的原因之一。已有研究证实，酗酒产生的酒精中毒可能损伤精子，造成精子畸形率增高，同时还可造成性欲冷漠、阳痿、早泄等性功能的异常。
5、各种病原体感染：各种病原体感染会影响睾丸生精功能，导致精子畸形。生殖道和生殖腺的病原微生物感染均可造成精子畸形率高，特别是UU和CT感染，在男性生殖系统这两种病原微生物感染尿道、前列腺和附睾较为多见。
6、物理因素：对生殖系统有影响的物理因素有辐射、电离、高温、超声、电流和激光，这些物理因素通过直接或间接两种途径作用于睾丸和附睾，导致精子数目减少，活力下降、畸形率增高。