少精症的原因主要有疾病因素，如精索静脉曲张、隐睾、泌尿系统感染疾病、自身免疫低等，药物因素、性生活过频、营养缺乏、物理因素等，具体导致少精症的原因为：
1、疾病因素：
（1）精索静脉曲张：精索静脉曲张时，会使睾丸的局部温度升高，血管活性物质增加，从而影响睾丸生精功能，造成精子数目不足。但精索静脉曲张程度与精子质量不成比例。
（2）隐睾：隐睾是影响精液质量的重要原因之一。单侧隐睾约60%病人不育，因此若精子密度低，又有隐睾存在，必须及早治疗。
（3）泌尿系统感染疾病：附属生殖腺的慢性感染，如睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、精囊炎等，这些炎症可以引起精子数量的减少，造成少精症。
（4）自身免疫降低：生殖免疫学研究发现，男性自身免疫可影响生育能力，抗精子抗体可影响精子的产生和运送。
（5）内分泌功能异常：男性正常生精功能依赖于下丘脑—垂体—性腺轴功能的正常，其中任何一环节障碍，都会影响生精功能，其它如甲状腺、肾上腺疾病也会影响生殖腺功能而致少精子症。
（6）染色体异常：染色体畸变对精子密度、活动率及形态均有严重影响。
2、药物因素：
药物影响药物影响可直接或间接影响精子生成，如磺胺类药、呋喃坦啶、安体舒通、环磷酰胺、氨甲蝶吟、秋水仙碱。
3、性生活过频
过度消耗男子体力和精液，长期会导致男子体质下降、精液产生量少，引起少精症。
4、物理因素：
放射线照射放射线照射对幼稚细胞，包括生精上皮最为敏感，可使精子细胞分裂迟滞或停止，甚或造成不可逆性破坏。
5、营养缺乏：
微量元素缺乏锌、维生素E的缺乏也是引起少精的重要原因。
6、其他因素：
包括酒精中毒、吸烟过度、毒品等均可抑制精子产生。