卵巢囊肿在治疗时应考虑患者的年龄，囊肿是否恶化，以及囊肿的部位、体积、大小、生长速度等，同时还应该考虑是否保留生育功能及患者自己的主观愿望等。良性卵巢囊肿可可通过以下方法来进行治疗。
良性卵巢囊肿的治疗
1、普通治疗
如果是单纯性囊肿，没有分隔，没有囊内乳头，没有钙化等复杂的特征，基本上是良性，可以保守观察。4-8周后复查时囊肿通常会变小或者消失。如果囊肿不消失，超声显示仍是单纯性囊肿，仍然可以继续严密观察。卵巢生理性囊肿如合并月经紊乱等内分泌症状者，可口服药物治疗以减轻症状，但目前还没发现对卵巢囊肿有明确疗效的口服药物。
2、手术治疗
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。
输卵管卵巢切除术，年龄较大(45岁以上)或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
卵巢囊肿多大需要手术
许多患者认为只有囊肿大到一定的范围才需要进行手术切除，但其实除了考虑囊肿的大小外，还要综合考虑患者的其他情况，如囊肿有是否出现破裂、患者是否发生感染或出现较为严重的症状。恶性囊肿一般进行手术治疗，囊肿大于5厘米时需要手术切除。小于5cm的囊肿一般认为是生理性囊肿，不需要进行手术治疗，只需每隔3个月复查B超随访就可以了。生理性囊肿大部分会自行缩小或消失，但也可能在另一侧卵巢或同侧卵巢再长出来。直径大于5cm的囊肿，主要考虑到是可能会发生破裂、感染、扭转等并发症，所以建议手术治疗。
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