新生儿惊厥的治疗首先是针对原发病变其次是惊厥。除非是表现为呼吸暂停的惊厥，通常惊厥过程中不用止痉，因为一般它们是自限性的，很少危及新生儿的生命功能。
如果血糖低应给予10%葡萄糖2ml/kg静注；如果有低血钙，给予10%葡萄糖酸钙2ml/kg（含18mg/kg）（注意：给予葡萄糖酸钙的速度不能超过50mg/min，同时作连续的心脏监护）应避免渗出血管外，因为会引起皮肤腐蚀，如果有低血镁给予50%硫酸镁0.2ml/kg肌注。应用抗生素治疗新生儿惊厥感染。
在确定新生儿惊厥原因检查开始后应立即针对惊厥本身治疗。选用苯巴比妥，给予负荷量20mg/kg静注如果惊厥未停止，可每15分钟给予5mg/kg直至惊厥停止，或最大用量40mg/kg已给予维持治疗在12小时后开始。剂量从3—4mg/（kg.d）起，根据临床反应和血清药物浓度可增加至5mg/（kg.d）。苯巴比妥必须静脉给药，特别在惊厥反复发作或长时间发作时当惊厥控制后，苯巴比妥可给予口服，苯巴比妥的有效治疗浓度为15—40μg/ml（65-170μmol/L）
如果需要第2种药物可用苯妥英，负荷量为20mg/kg，在新生儿唯有用静脉注射才有效，应分成2次（10mg/kg）缓慢静脉注射，以防止低血压和心律紊乱。新生儿苯妥英中毒的体征很难发现持续的高浓度将是有害的。如果能测血浓度，危险性就会减少维持量从5mg/（kg.d）开始，分2次使用，根据新生儿惊厥临床症状和血浓度进行调整苯妥英的有效治疗血浓度为10—20μg/ml（40—80μmol/L）。
对使用抗新生儿惊厥药的婴儿应予以密切观察药物过量可导致呼吸抑制，而呼吸骤停将比惊厥本身更危险，抗惊厥治疗必须持续至惊厥控制和以后发生惊厥的危险减少为止。