但由于婴幼儿的神经系统正处于生长发育阶段，而且婴幼儿情绪不稳，有时难以配合，因此检查的时候也应灵活应对。
1、意识和精神状态：需根据患儿对外界的反应状况来判断其是否有意识障碍。意识障碍的轻重程度可分为嗜睡、意识模糊和昏迷等。精神状态要注意有无烦躁不安、激惹、谵妄、迟钝、抑郁、幻觉及定向障碍等。
2、皮肤：许多先天性神经系统疾病常合并有皮肤异常，如脑面血管瘤病，在一侧面部三叉神经分布区可见红色血管瘤;结节性硬化症可见到面部血管纤维瘤，躯干或四肢皮肤的色素脱失斑;神经纤维瘤病可见皮肤呈浅棕色，类似“咖啡牛奶斑”。
3、头颅：首先要观察头颅的外形及大小。狭而长的“舟状头”见于矢状缝早闭;宽而短的扁平头见于冠状缝早闭;各颅缝均早闭则形成塔头畸形。新生儿出生时头围约34cm，生后前半年内每月约增加l.5cm，后半年每月约增加0.5cm，1岁时头围约46cm，2岁时48cm，5岁时50cm，15岁时接近成人头围，约54～58cm。还要注意头皮静脉是否怒张，头部有无肿物及瘢痕。头颅触诊要注意前囟门的大小和紧张度、颅缝的状况等。
囟门过小或早闭见于小头畸形;囟门迟闭或过大见于佝偻病、脑积水等;前囟饱满或隆起提示颅内压增高，前囟凹陷见于脱水等。生后6个月不容易再摸到颅缝，若颅内压增高可使颅缝裂开，叩诊时可呈“破壶音”。颅透照检查适用于婴幼儿，当硬膜下积液时，透光范围增大，如有脑穿通畸形或重度脑积水时，照一侧时对侧也透光。
4、五官：许多神经系统疾病可合并五官的发育畸形，如小眼球、白内障见于先天性风疹或弓形体感染，眼距宽可见于21一三体综合征、克汀病，耳大可见于脆性X染色体综合征，舌大而厚见于克汀病、粘多糖病等。
5、脊柱：应注意有无畸形、异常弯曲、强直，有无叩击痛，有无脊柱裂、脊膜膨出、皮毛窦等。