1、内因
（1）消化系统不成熟：婴幼儿消化系统发育不成熟，酶的活性较差，但营养需要相对又高，肠道负担重。如果喂养不当，过多地加喂淀粉类、脂肪类食物，导致成分改变，或者一次进食过多等，都可引起消化功能的紊乱，导致腹泻。
（2）免疫功能不成熟：婴幼儿时期的神经系统、内分泌系统、循环系统以及肝、肾功能都还没成熟，调节机能较差，免疫功能也不够成熟，当有病原菌随受污染的食物进入体内后，易造成腹泻。
小于6个月的宝宝，由于体内还留有妈妈的抗体保护，不易患秋季腹泻，母乳喂养的宝宝，患秋季腹泻的机率更低。3岁以上的儿童，由于消化道功能和免疫系统逐步完善成熟，也很少患秋季腹泻，即使患病，病情也会轻很多，病程短。
2、外因
（1）轮状病毒感染：主要由于轮状病毒感染。传染源来自患者、隐性感染者及带病毒者。急性期患儿粪便中含有大量病毒，病后第3-4天排病毒量最多。轮状病毒传染性强，可通过密切接触途径传播或流行，也可通过呼吸道传播。
（2）温差大：秋季气温变化大，忽冷忽热。气候变化引起感冒、腹部受凉以及各种感染也可导致腹泻。
（3）其他疾病因素：婴儿感冒，或者有肺炎、脑膜炎、败血症等疾病时，也会引起消化道功能紊乱，表现为腹泻症状。