新生儿呼吸暂停症的处理，首先要想办法尽快恢复病儿呼吸。这里介绍一种非常简便有效而且安全可靠的急救方法：当家长或保育人员发现病儿出现呼吸暂停时，可立即刺激新生儿的皮肤（如用手指弹击新生儿的足底），使其哭吵，这样，呼吸会迅速地恢复。
其次，家长要积极配合医生，寻找导致呼吸暂停的诱因，以便进行有效的处理。如果是缺氧引起的，可给氧吸入；室温太高引起的，应降低室温；败血症引起的，则应使用抗生素。
对经常发生呼吸暂停的新生儿，可给予口服氨茶碱，每千克体重每次2-3毫克，每6小时一次，因氨茶碱能直接作用于呼吸、血管运动中枢，并兴奋心肌，故对呼吸暂停有效。
必要时可肌内或静脉注射咖啡因，新生儿每千克体重每次5-10毫克。假如发作频繁，经上述处理无效的，则应住院监护治疗。