新生儿感染的主要感染来源是细菌感染、病毒感染和其他微生物感染。
1、细菌感染
新生儿感染主要表现为肺炎、腹泻、皮肤化脓性病变、尿路感染、败血症、脑膜炎等。常见的致病菌有金葡菌、链球菌、大肠杆菌、表皮葡萄球菌、假单胞菌、利斯特菌、变形杆菌等。感染的致病菌因感染部位而有所不同。
2、病毒感染
新生儿感染病原有巨细胞病毒，风疹病毒、疱疹病毒、肝炎病毒、肠道病毒、EB病毒、呼吸道合胞病毒等。
3、其他微生物感染
除细菌、病毒感染外，新生儿感染还可由真菌、螺旋体、原虫、衣原体等引起。真菌感染分为浅部和深部两种。浅部感染常表现为念珠菌病，深部感染可为败血症或脑膜炎。原虫感染常见有先天性弓形虫病。螺旋体感染常见先天性梅毒。新生儿衣原体感染常为沙眼衣原体所致包涵体结膜炎及肺炎。