新生儿低钙血症的原因有以下几点：
1、出生后早期低血钙：是指出生后2天内发生的低血钙。胎儿在母体内时血钙要比母体血钙高0.01克／升，相应地其体内甲状旁腺素水平低，而降钙素水平较高。一旦出生后这些激素水平仍然没有变化，而导致婴儿血钙下降，在出生后2-3天时最低。再以后机体逐渐恢复调节功能，血钙逐渐回升。这本身是一个正常的生理过程，但是在早产儿、宫内窒息缺氧的婴儿体内降钙素的水平更高，所以血钙也下降得更低。糖尿病母亲生出的孩子发育得往往成熟度低，也很容易发生低钙血症。
2、晚期低钙血症发生在出生3天以后，高峰在第一周末，多见于牛乳喂养的新生儿，因磷摄入量过多，使血钙降低。血钙值常低于2.00mmol/L。
3、少数先天性甲状旁腺功能不全引起的低钙血症，发病可早可晚，症状持续较久，达3周以上，但大部份患儿随年龄的增长甲状旁腺功能的发育仍可赶上正常婴儿，故仍属暂时性。
4、其他的原因：用米粉、豆粉喂养的新生儿，慢性感染或者腹泻的孩子，母亲自身缺乏维生素D的新生儿都可以因钙供给不足、吸收较差而发生低血钙。