唇腭裂症状主要有巨口、吞咽困难、吸吮及吞咽功能障碍、开放性鼻音、构语不清等。
根据硬腭和软腭部的骨质、黏膜、肌层的裂开程度及部位，可采用以下临床方法进行分类
（1）软腭裂：仅软腭裂开，有时只限于腭垂。不分左右，一般不伴唇裂，临床上以女性比较多见。
（2）不完全性腭裂：亦称部分腭裂。软腭完全裂开伴有部分硬腭裂;有时伴发单侧不完全唇裂，但牙槽突常完整。本型也无左右之分。
（3）单侧完全性腭裂：裂隙自腭垂至切牙孔完全裂开，并斜向外侧直抵牙槽突，与牙槽裂相连;健侧裂隙缘与鼻中隔相连;牙槽突裂有时裂隙消失仅存裂缝，有时裂隙很宽;常伴发同侧唇裂。
（4）双侧完全性腭裂：常与双侧唇裂同时发生，裂隙在前颌骨部分，各向两侧斜裂，直达牙槽突;鼻中隔、前颌突及前唇部分孤立于中央。
（5）其他：除上述各类型外，还可以见到少数非典型的情况：如一侧完全、一侧不完全;腭垂缺失;黏膜下裂(隐裂);硬腭部分裂孔等。
唇裂仅致颜面的畸形，很少妨碍患儿的吸乳。但有腭裂的孩子，由于口腔与鼻腔间存在缺裂，吸乳时口腔内不能形成所必需的负压，以致患儿有吸乳困难，导致营养不良。又由于口腔与鼻腔相通，口腔清洁卫生差，因而易发生中耳炎及呼吸道感染。
严重的是由于腭裂引起的发音障碍，患儿言语不清名，呈开放性鼻音。