先天性胆道闭锁今病因尚未明确，早期认为该病为先天性胆管发育异常，与胚胎期第4-10周胆管系统发育停顿或紊乱有关。然而，对大量流产或早产儿胆道系统的解剖却并未发现过胆道闭锁，相反近年研究有更多证据支持此病为后天形成。
1、病毒感染学说：病源的研究热点主要集中于巨细胞病毒（CMV）， 轮状病毒（RRV），呼肠孤病毒III型和人乳头瘤病毒（HPV）。
2、免疫损伤学说：该病患儿可能存在某种遗传缺陷，激活了先天性免疫系统，并使得该系统与获得性免疫系统共同作用导致该病发生和进展。
3、移植物抗宿主损伤学说：人体内的母体微嵌合体引发的移植物抗宿主损伤可能参与了BA的发生。
4、遗传病因学说：一般认为BA并非一种遗传性疾病，但研究发现其具有一定的家族遗传性。
5、发育不良学说：胚胎型胆道闭锁在出生前就可以检测到胆道系统的异常变化。