医生会根据临床表现、检查，确诊脑膜炎应做腰穿术。为了使这种操作引起的疼痛感能有所缓和，一般要在医院麻醉后才进行。用一根针沿着脊柱上的两块骨头之间刺入取一点脑脊液样品。本来清的脑脊液液体会变得浑浊或出血化脓的细胞，就应该怀疑是否患了脑膜炎，这时将需要做特别的培养检查。血样、尿样和眼、鼻分泌物体将被采集。因为此病发展迅速，治疗应该要立即进行，甚至应在检查结果出来之前进行。
另外也需要要下面的疾病相区别：
1、化脓性脑膜炎其中最易混淆者为嗜血流感杆菌脑膜炎。
2、病毒性中枢神经系统感染主要是病毒性脑炎，病毒性脑膜脑炎及病毒性脊髓炎均可与结脑混淆，其中散发的病毒脑炎比流行性者更需加以鉴别。
3、新型隐球菌脑膜脑炎其临床表现、慢性病程及脑脊液改变可酷似结脑，但病程更长，可伴自发缓解。慢性进行性颅压高症状比较突出，与脑膜炎其他表现不平等。本病在小锗较少见故易误诊为结脑。
4、脑脓肿脑脓肿患儿多有中耳炎或头部外伤史，有时继发于脓毒败血症。常伴先天性心脏病。脑脓肿患儿除脑膜炎及颅压高症状外，往往有局灶性脑征。