《出生医学证明》因遗失、被盗等丧失原始凭证的情况要求补发的，取得原签发单位有关出生医学记录证明材料后，向所在地县（区）级以上卫生行政部门申请补发。县（区）级以上卫生行政部门接到申请后，经核实，情况属实的给予补发《出生医学证明》并加盖出生医学证明补发专用章。
具体办法：未报户口前遗失《出生医学证明》者，补发《出生医学证明》正副页；已办理户籍手续后遗失《出生医学证明》者，只补发《出生医学证明》正页。
补发《出生医学证明》须提供由儿童父母或监护人出具的亲子关系声明”；该儿童与其父母（监护人）亲子关系的旁证；接生人员出具的接生情况证明，儿童父母或监护人任何一方户籍所在地居民（村民）委员会或单位出具的证明；父母或监护人的身份证复印件。
补发《出生医学证明》只适用于1996年1月1日以后出生的婴儿。1996年1月1日以前出生的公民，一律不予补发《出生医学证明》。如出国等需要出生医学证明，以公证部门出具的出生公证书”作为合法有效证件。