儿童港澳通行证办理与大人相似，16周岁以下的儿童必须由父母任意一方亲自去代办，孩子可以不去（但护照需要孩子本人去），填一份表，带监护人身份证，小孩户口本出生证原件和复印件，照片和照片回执（一个月有效）各一份。
1、领取申请表：携带本人身份证和户口簿到当地出入境管理机关，领取一张《中国公民往来港澳地区申请审批表》，国家工作人员等要由单位出具意见。不满14周岁的孩子在办理申请时，须由父母或法定监护人陪同。
2、填写申请表：申请表要用蓝黑色或黑色水笔填写。申请表要填写姓名、身份证号码、家庭住址、申请种类、申请事由等内容。身份证须填写18位号码。
3、复印身份证、户口簿，照相：申请表内容填好后，申请人要将身份证和户口簿个人资料的复印件粘贴在申请表背面。申请人将一张近期正面白底免冠半身、光面头像照片贴在申请表上，相片尺寸：48×33mm。服务大厅里有照相服务点。
4、交费：申请人根据本人所选择的签注种类先到服务大厅或出入境管理机关下的建设银行交纳个人旅游证件工本费和签注费。
5、向工作人员提交资料：申请人持交费发票、已填好的申请表、身份证户口簿原件及复印件在服务台交验资料，并回答民警有关询问。完成申请手续后，民警会给《回执》单，上面有工作电话。
6、取证：按规定，往来港澳通行证自受理之日起10-15个工作日内办结，申请人在等证期，可以拨打《回执》单上的咨询电话询问办证的进展程度。
细节区别：
1、先去拍个身份证和通行证的照片（家长带着孩子去拍照片就可以了，跟拍照的师傅说清楚，说明是要拍省份证和通行证的照片，他会知道怎么拍的。）
2、拿着身份证的相片去户口所在地办身份证，当场会有个回执。
3、拿着回执单，通行证的照片，户口本原件，监护人的身份证原件，带着孩子去本区的公安局。
4、如果已经有儿童身份证了，就省去第二步。
5、到了公安分局一般只要拿号，不用排队的，有优先窗口。