首先，所有的患儿都要对巳经发炎的脐部实施换药。
1、清洁脐部：可以使用75%酒精、生理盐水、3%硼酸液、1∶1000新洁尔灭液、氯霉素眼药水等中的一种，以消毒棉棍或棉球蘸上述药液后，轻柔擦拭患处，祛除脓性分泌物。如果脐带残端尚未脱落，可一并清洁。每日1-2次。适用于单纯性脐炎或其它脐部感染。
2、外用药物：根椐医嘱在清洁脐部后，局部使用40%氧化锌油或氯霉素氧化锌油、脐带粉（含有依沙吖淀又名雷夫奴尔、氧化锌）、百多邦软膏、红霉素眼膏等中的一种。每曰1次。注意尽量不用紫药水、红药水，以免因染色影响病灶的观查。一般也不用碘酒，以免烧伤脐周围的皮肤。
3、外敷药物：为减少患处红肿或促进化脓可分别使用喜疗妥、鱼石脂软膏、如意金黄散（中药）等外涂或外敷，适用于脐炎合并腹壁感染者。注意外敷药物时间勿过长，一般不超过6小时。
4、穿刺抽脓或切开引流：凡形成脓肿者应积极引流脓液，脓量多或者脓稠需要切开引流，並坚持换药（更换引流条，保持引流通畅，促进脓腔愈合）。肝脓肿和镰状韧带处脓肿的引流手术需要住院后实施。
5、烧灼：形成脐肉芽者可通过药物（10%硝酸银）或激光烧灼去除。
其次为抗生素，由于引起脐炎的化脓菌大多是耐药的金黄色葡萄球菌或表皮葡萄球菌，所以一般的抗生素如青霉素、红霉素等效果不好，最好能在脓性分泌物培养基础上选用敏感的抗生素。此前，医生会根据经验选用适合于新生儿使用且药效好的药物。
又由于新生儿对口服或者肌肉注射抗生素吸收差，所以一般选用静脉滴注给药。有些家长看着自已的宝宝头皮上扎点滴很心疼，总想改成口服用药，但当您知道上述的道理后，就会配合治疗了。如果诊断为败血症，可能需要静点抗生素数天。
其它，如支持治疗（包括静脉高营养、输血、输血浆）等，将视病儿情况加以使用。总的来讲，脐炎预后满意，少数形成门静脉血栓者，应随诊观查。