新生儿小儿肺炎只要及时发现和有效的治疗，病儿可很快康复。但重症易出现下列并发症，如不及时治疗，预后不良。
1、心力衰竭：发病时宝宝躁动不安，呼吸困难和发绀、心率加快、180次/分，呼吸急促，>60次/分，肝脏增大，下肢浮肿等，应立即采取措施，控制其发展，利用强心剂，利尿剂等治疗。
2、呼吸衰竭：宝宝烦躁不安，呼吸困难和紫绀，呼吸早期加快，重时减慢，有呻吟呼吸和呼吸节律改变。重危时心率加快或减慢，并可出现昏迷和抽搐。
3、脓气胸：金黄色葡萄球菌肺炎时，易发生脓气胸。此时，高热持续不退或体温下降后又再度上升，咳嗽频繁，呼吸急促，不能干卧，一侧胸廓饱满。
4、缺氧性脑病：肺炎呼吸困难缺氧重时，宝宝呕吐、头痛、嗜睡或烦躁不安，继之昏迷惊厥。脑病发病较急，来势凶猛，病情险恶，往往与多种并发症交错出现，相互影响，使病情变得更为复杂，病死率高。
5、中毒性休克：体温骤升达40—41℃或骤降，寒战、面色灰白、烦躁或昏迷、多汗、皮肤呈大理石花样改变，血压下降或测不出，同时出现多脏器功能改变，症状凶险。
6、中毒性肠麻痹：表现为高度腹胀、呕吐、便秘和肛管不排气（不放屁）。腹胀压迫心脏和肺脏，使呼吸困难更严重。此时，面包苍白发灰，腹部叩诊呈鼓音，肠鸣音消失，呕吐物可呈咖啡色或粪便样物，x线检查发现肠管扩张，壁变薄膈肌上升，肠腔内出现气液平面。