上呼吸道感染咳嗽大多由病毒引起，少数为细菌或肺炎支原体引起。常见病毒有呼吸道合胞病毒、鼻病毒、柯萨奇病毒、腺病毒、副流感或流感病毒等。细菌有溶血性链球菌、肺炎球菌、葡萄球菌及嗜血流感杆菌等，多继发于病毒感染。肺炎支原体介于病毒和细菌之间。
本病有各种诱发因素，如免疫功能、营养状况和环境影响等。有先天性心脏病、营养不良、慢性腹泻、佝偻病及免疫功能低下的婴幼儿都容易发病。当天气突然变化或空气污染时，感冒患儿会明显增多。而居住环境潮湿闷热、拥挤、通风不好、被迫吸二手烟等，也容易引起婴幼儿上呼吸道感染咳嗽。