尿道下裂的最好治疗方法就是手术治疗，而从心理发育角度来考虑，手术治疗的两个时机就是6-15个月，3-4岁。
手术矫治是根治尿道下裂的常用的最有效的方法。手术矫正治疗的时间应当提前到3岁以前，主要是由于孩子在上幼儿园期间就可能会发现与其他孩子不同而产生心理问题。根据患者的个体差异，选择手术的方式不同，但如选择不准或医生技术不过关，手术失败率可能达到50%。
尿道下裂手术方法很多，但是在手术治疗时，必须要应结合患者年龄、病变类型及自己对术式的理解和经验来选择手术方法。无论采用何种方法，手术后并发症仍有可能发生，为了降低手术并发症，手术之后应当注意以下的问题：
1、要确保尿道重建成功。各种办法矫正尿道下裂，首先是确保尿道重建成功，最首选的方法就是包皮皮瓣法，再选择阴茎皮瓣法、植皮法等。
2、预防感染。术前、术中及术后的预防感染措施，否则会影响到手术的成功率。术前要做好清洗，术中要做无菌操作及手术期抗生素的应用，术后更应当注意尿道与局部伤口良好护理，只有合理有效抗生素的应用，才能防止术后感染发生。
3、注意阴茎勃起的防治。阴茎勃起的防治也是确保手术成功的重要措施，雌性激素的短期应用是很有必要的。
4、矫正阴茎弯曲畸形。矫正阴茎弯曲畸形，此时就是要针对引起阴茎弯曲的纤维组织及其它病变组织的牵扯解除。但此时不可损伤与切掉阴茎的白膜，否则易致继发性阴茎弯曲。
5、阴茎伤口处理、护理。阴茎伤口处理、护理一定要做到适当、完好的压力包扎，可以避免渗血、死腔等发生，对于尿道瘘与狭窄的情况，当然也应采取相应防治措施。
