卵巢是女性的重要生殖器官，是卵子发育、成熟、排出的场所，若卵巢遭受到破坏，会使卵子的生理周期遭到破坏，导致不孕。
如果囊肿很小，那么对排卵功能没有影响，那么就不会影响怀孕。有一部分，比如说囊肿很大，占据了整个卵巢的位置，卵巢皮质很薄，而且有一部分肿瘤可以分泌一些激素，影响卵巢的排卵功能和发育，这个可能会影响怀孕。还有就是子宫内膜异位症，这个病发生率很高，而且对生育有一定的程度的影响。
卵巢囊肿会影响生育主要表现在会使已怀孕的女性产生妊娠不良的现象。专家指出，卵巢囊肿在早孕时可能引起流产，中期妊娠时则易发生卵巢囊肿蒂扭转，晚期妊娠囊肿较大者可导致胎位异常，分娩时可能阻塞产道引起难产。
妊娠期盆腔充血，可使肿瘤迅速增大甚至有引起恶变的可能，所以，在妊娠前进行手术比妊娠手术更有好处。如果已经怀孕了，那么卵巢囊肿手术在16~24周时进行最为合适。手术本身并不会影响胎儿的发育，但如果在妊娠期12周内进行手术则容易导致流产，而妊娠晚期进行手术也比较困难，同样容易引起流产。
卵巢囊肿会给女性的身体健康和生育能力带来不良影响，因此，如果出现不明原因的腹痛、腹胀等症状，应及时就诊，尽早诊断和治疗。需要注意的是，有肿瘤家族史的女性，罹患卵巢癌的几率会比其他人群高，尤其是有卵巢癌、乳腺癌、直肠癌家族史的人，这些人要注意增加检查的次数。