在治疗卵巢囊肿时应考虑患者的年龄，囊肿是否恶化，以及囊肿的部位、体积、大小、生长速度等，同时还应该考虑是否保留生育功能及患者自己的主观愿望等。并且绝大多数的卵巢囊肿属于良性，因此不可盲目进行手术。具体的治疗可通过以下的几种方法来进行。
1、良性囊肿治疗
（1）普通治疗
如果是单纯性囊肿，没有分隔，没有囊内乳头，没有钙化等复杂的特征，基本上是良性，可以保守观察。4-8周后复查时囊肿通常会变小或者消失。如果囊肿不消失，但是超声显示仍是单纯性囊肿，仍然可以继续严密观察。卵巢生理性囊肿如合并月经紊乱等内分泌症状者，可口服药物治疗以减轻症状，但对于病理性囊肿，目前还没发现有明确疗效的口服药物。
（2）手术治疗
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。
输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
2、恶性囊肿治疗
考虑恶性或诊断不明确的囊肿在手术后要将切除物送病理检查，在显微镜下明确囊肿的性质，再考虑下一步的治疗。如果卵巢囊肿出现扭转、破裂、出血、感染等并发症，应行急诊手术。
大多数患者就诊时已经是晚期了，所以在治疗时应该尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，现多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，又如大网膜切除，部分肠切除，部分膀胱，输尿管切除。还应考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。
当囊肿持续存在，或者患者有不适症状，或者囊肿不断生长，或者检查提示卵巢囊肿可能为恶性时，必须进行手术干预。腹腔镜是安全微创的手术方式。考虑良性的囊肿应该尽量在腹腔镜下行囊肿剔除术，保留正常的卵巢皮质;腹腔镜手术属于微创手术，术后一天即可下地活动。病人麻醉后，医生会在病人肚子上打三个眼，向腹腔内注入气体，之后通过专门的器械进行手术操作。
卵巢囊肿的治疗费用一般需要数千元。治疗费用是由治疗方法决定的，不同的治疗方法要求的技术水平和技术设备有很大的不同。病人所长囊肿的大小、位置等也是影响卵巢囊肿手术费用的一个因素。
卵巢囊肿手术费用还与医院的选择有关，不同地区、不同医院的治疗费用不同，建议患者可自行咨询当地医院。